Le secrétariat général du CESIS représente le point de raccord qui filtre les renseignements qui proviennent du secteur du renseignement afin de présenter organiquement et aussitôt à l'autorité politique chaque question pour déterminer ce qu'il convient d'adopter. Ainsi le Président du Conseil exerce-t-il des pouvoirs destinés à donner une ligne directrice unique à l'activité des Services et à concrétiser l'exercice de la fonction de coordination. Le secrétariat général du CESIS constitue l'instrument exécutif à travers lequel le Président du Conseil garantit la cohérence de la ligne politique des Services.
Le Secrétaire Général du CESIS a la charge de canaliser les renseignements fournis par les Services, de coordonner et d'orienter en matière de personnel, de faire le trait d'union entre la communauté internationale de l'intelligence et les organismes de sécurité nationaux. Actuellement le Secrétaire Général exerce par délégation les fonctions d'autorité nationale pour la sécurité (ANS) du Président du Conseil.
A cette fin une structure bien identifiée dénommée Office central pour la sécurité (UCSI) s'insère dans le secrétariat général du CESIS.
Il est l'organe sur lequel l'ANS s'appuie pour la protection administrative du secret. Entre autres choses, il délivre les habilitations de sécurité relatives aux personnes, organismes et entreprises qui doivent traiter des informations classées.
En outre le secrétariat général du CESIS joue un rôle important d'interface entre l'intelligence et les autres administrations publiques.