La Segreteria Generale del CESIS costituisce lo strumento esecutivo attraverso il quale il Presidente del Consiglio garantisce l'unità di direzione politica dei Servizi.
Al Segretario Generale del CESIS sono affidati compiti di canalizzazione delle informazioni fornite dai Servizi; di coordinamento e di indirizzo in materia di personale; di raccordo tra la comunità intelligence internazionale e gli Organismi di sicurezza nazionali. Attualmente il Segretario Generale esercita, su delega, le funzioni di Autorità Nazionale per la Sicurezza (ANS) proprie del Presidente del Consiglio. A tal fine nella Segreteria Generale del CESIS è inserita una struttura, ben nota all'esterno, denominata Ufficio Centrale per la Sicurezza (UCSI).
Esso è l'organo di cui l'ANS si avvale per la tutela amministrativa del segreto. Tra l'altro, rilascia le abilitazioni di sicurezza relative a persone, enti ed imprese che devono trattare informazioni classificate.
Inoltre, la Segreteria Generale del CESIS svolge un importante ruolo di interfaccia tra il comparto intelligence e le altre Pubbliche Amministrazioni.